河流对巴拉圭来说意义重大。巴拉圭的大部分疆界是以巴拉圭河、巴拉那河及其支流而界定。河流既为巴拉圭提供了排水系统，又可以作为重要的交通运输通道。巴拉圭的大部分城市，包括首都亚松森，都有河流穿过，也都是重要的河港。

巴拉圭河长2600千米，通航里程为2300千米，有1600千米在巴拉圭境内。从巴西起航，21米长的船舶可以顺利抵达康塞普西翁;中等船舶可以到达亚松森。虽然平时水流缓慢，水也比较浅，但亦有汛期时河水漫出堤坝，淹没村庄。

巴拉圭河的主要支流有阿帕河、阿基达班河和特维瓜里河.它们都发源于巴拉那高原，水量丰富。上游水流很急，有丰富的水力资源;下游河道宽阔，水流平缓，适宜航行。

巴拉那河全长约4700千米，在萨尔托·德瓜伊尔(SaltodeGuair)进人巴拉圭境内。巴拉那河南流800千米，与巴拉圭河交汇，继续向南，在阿根廷的布宜诺斯艾利斯往人拉普拉塔河。沿巴拉那河，大船可以上溯到亚松森，而小船则能航行得更远。在夏季，高达3米的船只可以上溯到萨尔托·德瓜伊尔，而在早季河流的航程会受到很大限制。在上游，突然袭来的洪水会使河水在24小时内上升5米，很快到达亚松森，而在冬季，河水有时只有1米多深，从而严重影响亚松森和布宜诺斯艾利斯之间的交通。

穿过巴拉那地区的巴拉那河支流较短，河道也没有巴拉圭河支流宽阔，但水流湍急。16条支流和众多的小溪都是在恩卡纳西翁以上注人巴拉那河的。

皮科马约河是巴拉圭的第三大河流，它在流过查科地区与阿根廷的全部边界之后，在亚松森注人巴拉圭河。绝大部分河道水流缓慢，水也较浅，只有较小的船舶可以航行。